Зона ответственности Атлантического филиала ВНИРО («АтлантНИРО») включает Балтийское море, Центрально-Восточную Атлантику, северную Атлантику, южную часть Тихого океана, Антарктическую часть Атлантики. Успешное выполнение программы исследований в морских и океанических районах обеспечивает технический функционал научно-исследовательского флота филиала: среднетоннажных судов проекта 833 СТМ «Атлантида», СТМ «Атлантниро» (1987 года постройки, ГДР), а также задействованных в работе на Куршском и Вислинском (Калининградском) заливах катера РЖД 11-75 «Орленок» и маломерных плавсредств.