Контрольно-надзорные мероприятия в Сахалино-Курильском управлении осуществляют 16 районных отделов, оперативный отдел государственного регулирования и организации рыболовства, морской отдел, всего 88 должностных лиц. С начала года проведено 4084 рейда (в 2012 - 4296), из них 3039 (2012 - 3050) рейдов в период лососевой путины. Выявлено 2022 нарушения законодательства в сфере рыболовства и сохранения водных биологических ресурсов и среды их обитания, составлено 1887 (2012 - 2096) протоколов об административных правонарушениях, из них 1637 (2012 - 1749) нарушений выявлено с начала лососевой путины.