Контрольно-надзорные мероприятия в Сахалино-Курильском территориальном управлении Федерального агентства по рыболовству осуществляют 16 районных отделов, оперативный отдел государственного регулирования и организации рыболовства, морской отдел, в количестве 88 должностных лиц.