С учетом предполагаемого повышения потребности в рыбопродуктах ГМ рыба может приобрести большое значение как продукт питания в развитых и развивающихся странах. Наиболее вероятно, что первым ГМ животным на продовольственном рынке станет быстрорастущая семга (Salmo salar), в геном которой встроен ген гормона роста чавычи (Oncorhynchus tschawytscha) (FAO/WHO 2003a). Такая семга растет в 3-4 раза быстрее нетрансгенных аналогов, что уменьшает время выращивания и повышает доступность пищевого продукта. Еще, по крайней мере, 8 искусственно выращиваемых видов рыбы генетически модифицированы с целью ускорения роста. Ген гормона роста в порядке опыта встроили в геномы таких рыб, как белый амур, радужная форель, тиляпия и сом (PIFB 2003; PIFB/FDA 2003). Во всех случаях трансгены выделяли из геномов рыб других видов.

Для решения некоторых проблем аквакультуры ученые предпринимают попытки повысить устойчивость рыб к заболеваниям, например, путем встраивания в геном семги фрагмента ДНК, кодирующего лизоцим радужной форели. Лизоцим обладает антибактериальными свойствами и эффективен по отношению к многим возбудителям заболеваний рыб. Ведется также работа по внедрению гена еще одного антибактериального белка (секропина тутового шелкопряда) в геном сома (Dunham et al., 2002). Это может повысить устойчивость рыбы к заболеваниям, в том числе к кишечной септицемии (enteric septicaemia).

Выращивание хищных рыб, таких как форель и лосось, привело к чрезмерному промыслу песчанки и мойвы. Для решения этой проблемы ученые изучают возможность изменения метаболизма хищных рыб путем улучшения усвоения углеводов и увеличения доли растительной пищи в рационе.

Чувствительность к холоду тепловодных рыб, таких как карп и тиляпия, может приводить к значительным потерям в зимнее время. Предлагаемое направление работы в этой области заключается в изменении молекулярной конформации липидов с целью повышения текучести клеточных мембран. Для расширения географической зоны, пригодной для выращивания рыбы, ген, кодирующий белок-«антифриз», переносится из генома рыб одного вида в геном рыб другого вида. Несмотря на то, что уже выведено несколько сортов морозоустойчивой семги, секретируемый такими рыбами уровень белка-«антифриза» значительно не изменяет температуру замерзания их крови (Fletcher et al., 2002).
Проблемы, касающиеся выявления опасности и оценки риска, которые могут ассоциироваться с выращиванием ГМ рыбы, до сих пор обсуждаются (FAO/WHO 2003a). Одним из таких аспектов является выращивание стерильных особей с целью минимизации экологического риска при попадании ГМ рыб в природные популяции.