Основной проблемой рыбного хозяйства Томской области является неконтролируемый вылов и нелегальный вывоз ценной рыбы. Руководство региона предложило передать полномочия по охране водных биоресурсов на внутренних водоемах органам государственной власти субъектов РФ.