Магаданский институт рыбного хозяйства и океанографии был организован 1 июля 1959 г. приказом Совнаркома СССР. Его создание диктовалось необходимостью решения ряда теоретических и научно-практических вопросов, связанных с организацией рационального использования рыбной промышленностью водных биоресурсов Охотского и Берингова морей. Первоначально институт существовал в виде отделения головного института ТИНРО, расположенного во Владивостоке. Затем интересы региона потребовали учреждения самостоятельного регионального института — МагаданНИРО, который и был создан в декабре 2001 г.