З0 октября 2017 года, Указом Президента Российской Федерации, Владимира Владимировича Путина «О реорганизации ФГУП «Национальные рыбные ресурсы», в состав предприятия включён ФГУП «Калининградский морской рыбный порт». Вхождение калининградского рыбного порта в состав Нацрыбресурсов осуществлено «в целях дальнейшего развития рыбохозяйственного комплекса РФ и укрепления продовольственной безопасности государства, сохранения и эффективного использования терминалов морских портов, предназначенных для комплексного обслуживания судов рыбопромыслового флота».