17 марта 1995 г. решением Коллегии Роскомрыболовства в ТИНРО с целью управления научными судами и проведением исследований в дальневосточных морях была создана новая структура – База исследовательского флота. Для этого в оперативное управление науке были переданы 10 специализированных научно-исследовательских судов. С этого момента у ученых появилась возможность проведения комплексных научных экспедиций, уже не сопряженных с промышленным планом добычи ВБР. На протяжении последних двадцати пяти лет флот Базы является важнейшим инструментом для получения данных по состоянию сырьевой базы отечественного рыболовства и формированию прогноза объема допустимых уловов (ОДУ) всех видов, населяющих наши моря и прилегающую часть Тихого океана.