Второй этап программы инвестиционных квот предусмотрен проектом изменений в федеральный закон о рыболовстве. Документ предлагает изъять у предприятий и перераспределить под инвестиционные обязательства 100% общего допустимого улова морского гребешка, трубача, морского ежа и трепанга, оставшиеся 50% ОДУ крабов и 24% ОДУ прочих видов водных биоресурсов.