Комплексные работы по контролю за состоянием экосистемы Авачинской губы были начаты в 2013 году. На всех 10 станциях ежемесячно в период навигации собирали данные по гидрологии, биогенному фону, фито- и зоопланктону, оценивали количество микроводорослей комплекса ВЦВ (вредоносное «цветение» водорослей). Сотрудники Камчатского филиала ВНИРО дважды в год проводили дночерпательную бентосную съемку.